Die Keisermoschee ist eine der ersterbauten
Moscheen in Bosnien und Herzegowina und die
ersterbaute Moschee in Sarajevo. Gebaut
wurde sie 1462. und finanziert wurde alles vom
Stadtgründer Isa-Beg Ishaković. Diese
Moschee ist, jedoch, 1480. abgebrannt, als der
Despot Vuk Grgurević, mit seiner Armee aus
Jajce, in Sarajevo einmarschierte und Sarajevo
in Brand setzte. Auf der selben Stelle wurde die
Moschee, wie sie heute aussieht, 1566.
wiedererbaut (einige glauben daß die Moschee
ganz wiedererbaut wurde, einige glauben wieder
daß nur die Kuppel vom Feuer zerstört wurde
und nur sie wiedererbaut wurde), und die
Arbeiten wurden von Süleyman den Prächtigen
finanziert.

Zu dieser Zeit war Sinan der Hauptarchitekt des Osmanischen Reichs, und man glaubt daß diese
Moschee einer seiner Schüler oder Mitarbeiter gebaut hat. Das ist ein zentraler Typ von Moschee
mit einer dreiseitigen Veranda. Da in die Moschee, zur Zeit der Gebete (besonders am Freitag), viele
Menschen kamen, mussten Verandas von allen drei Seiten gebaut werden, doch zwei der
Seitenverandas wurden 1847. zugemauert und in Tetime (Nebenräume) vervandelt.

Die Hauptkuppel der Mosche hat die Form einer Halbkugel, was karakteristisch für die osmanische
Architektur ist. Man glaubt daß die alte, halbkreisförmige, Kuppel im schon erwähnten Feuer,
abgebrannt ist. Während der Restauration am Ende des 20. Jahrhunderts (1980-er oder 1990-er),
wurden vier, teilweise restaurierte, Schichten von Wandekorationen entdeckt, und zwar aus dem
16., 18., und dem Beginn des 19. Jahrhunderts. Das achteckige Minarett ist eines der schönsten
alten Minaretts in Bosnien und Herzegowina.
Wertvolle Grabsteine, die zwischen dem 15. und 19. Jahrhundert entstanden sind, befinden sich im
Friedhof hinter der Moschee. Für ein Paar archaische Grabsteine (Nischan) die sich hinter der
Gebetnische befinden, glaubt man daß sie wahrscheinlich das Grab des Gründer von Sarajevo, Isa-
Beg Ishaković, sind. Im Jahre 1912. erdachte der Architekt Karl Paržik, mit viel Respekt für die
Aufgabe, das Gebäude des Medzlis, und verwendete dazu Ideen, die beim bauen von alten
bosnischen Häusern verwendet wurden. Dadurch war es ihm möglich das Gebäude in das Ambient
der Keisermoschee einzupassen.